Ордынское было основано русскими переселенцами из европейской части России при слиянии рек Обь и Орда в начале XVIII века, первое письменное упоминание относится к 1721 году.

К началу XX века Ордынское стало одним из крупнейших и богатейших сёл Томской губернии. Село специализировалось на выращивании пшеницы, ржи, производстве масла, животноводстве. В среднем на один двор приходилось 6 голов крупного рогатого скота, 6 лошадей, 7 овец. В 1917 году население Ордынского насчитывало около 5000 человек. Село было застроено в основном двухэтажными деревянными домами. В 1918 году в селе появилась больница — первая на территории современного Ордынского района.

В 1934 году в Ордынском, которое к тому времени стало районным центрам, стала выходить районная газета. В 1936 году в селе появилась библиотека.

В январе 1950 года Совет министров СССР принял решение о подготовке к строительству Новосибирской ГЭС. В связи с этим, в частности, планировалось затопление части территории районного центра и соответственно — массовое переселение местных жителей на новое место. Это событие пришлось на 1956 год, считающийся сегодня датой второго рождения Ордынского.

В 1958 году открыт районный Дом культуры, который продолжает работу и сейчас.

В 1962 году село Ордынское было преобразовано в рабочий посёлок Ордынское. В 1986 году в посёлке появились музей и картинная галерея.